Отдел был основан 16-го марта 1960 года, на основе 29-го пункта № 5/397 решения АН АССР, а именно: в музее произвести структурные изменения, создать отдел учета и хранения, сдать туда на хранение все музейные фонды – как основные, так и научно вспомогательные и выставочные. Обязанности главного хранителя фондов взял на себя Каро Григорьевич Кафадарян.

Отдел выполняет координирует работы по заприходованию, учету, реставрации и ослуживанию музейных экспонатов и коллекций.